W liście do swojego kierownika duchowego ojca Benedetto z 1 listopada 1913 roku, ojciec Pio opisuje o swojej modlitwie:
„Taki oto jest mój zwyczajny sposób modlitwy: Zaledwie ją zaczynam, natychmiast czuję, że dusza zaczyna się pogrążać w takim pokoju i ukojeniu, że nie można tego wyrazić słowami. Wszystkie zmysły zostają zawieszone z wyjątkiem słuchu, ale ten zmysł nie jest dla mnie przeszkodą, i muszę wyznać, że nawet gdyby wokół mnie był bardzo wielki hałas, wcale mi to nie przeszkadza... Często zdarza się, że gdy mój umysł jest pogrążony w ciągłej myśli o Bogu zawsze przy mnie obecnym, i gdy na chwilę odbiegam myślą od Niego, natychmiast, w sposób przenikający i łagodny czuję dotknięcie Pana w samym centrum mojej duszy tak, że często jestem zmuszony ronić łzy z powodu mojej niewierności i odczucia, że mam tak dobrego i troskliwego Ojca, który przywołuje mnie z powrotem do pamiętania o Jego obecności. Innymi znowu razy znajduję się w wielkiej oschłości ducha. Czuję moje ciało przygniecione wieloma niedomaganiami. Doświadczam niemożności skupienia się na modlitwie, choć ogarniony jestem wielkim pragnieniem modlitwy."
Ojciec Pio zachęcał swoje duchowe dzieci, aby modliły się jak najwięcej. Mówil, że: „Modlitwa jest najlepszą bronią, jaką mamy: to klucz, który otwiera serce Boga. Musisz porozmawiać z Jezusem sercem, a nie tylko ustami. W pewnych okolicznościach wystarczy pozwolić przemówić sercu". Zgodnie z wyraźnym pragnieniem papieża Piusa XII, aby zjednoczyć się na modlitwie, ojciec Pio założył grupy modlitewne. Odesłał do domu ludzi, którzy przyszli do niego z całego świata z prosbą, aby zgromadzili się w swoich rodzinnych miastach na modlitwie. Pierwsze grupy modlitewne ojca Pio zostały założone w 1947 roku. Obecnie istnieją grupy modlitewne ojca Pio w 34 krajach na całym świecie. W sumie składa się z około pół miliona uczestników. Grupy modlitewne są oficjalnie zarejestrowane w Centro Gruppi di Pregheriera w „Casa sollievo della sofferenza" w San Giovanni Rotondo.
Członkowie grup modlitewnych powinni się przynajmniej raz w miesiącu spotykać na modlitwie. W czasie tych spotkań uczestniczy się w Eucharystii, odmawia się różaniec, jest adoracja i wyjaśnienie duchowości i życia ojca Pio. Jest również możliwość z korzystania z sakramentu pokuty i pojednania.
W przemówieniu wygłoszonym przez papieża Jana Pawła II do duchowych dzieci ojca Pio z 1 października 1983 roku powiedział:
„Wy, członkowie grup modlitewnych, powinniście zawsze dawa przykład w duchu całkowitej i bezwarunkowej wierności Kościołowi
katolickiemu pod przewodnictwem papieża i biskupów, jak konsekwentnie podkreślał wasz założyciel. Wszyscy członkowie grup modlitewnych powinni jasno i odważnie pokazywać, kim są, to znaczy autentycznymi i gorliwymi żyjącymi chrześcijanami w praktyce, nadziei i miłości ."
Ojciec Pio mówił, że musimy się modlić o wyzwolenie.
Każda minuta naszego życia musi być dobrze wykorzystana. Przecież nie wiemy, czy jutro jeszcze tutaj będziemy.
Ponadto pod koniec naszego życia będziemy musieli zdać sprawę z czasu.
Módlcie się, chciaż z niechęcią. Kto dużo się modli, jest zbawiony; ten, kto mało się modli, jest w niebezpieczeństwie;
ci, którzy się nie modlą, są zgubieni. Wola się liczy i jest nagradzana, a nie uczucie!
Bardziej zasłużone jest kochanie bez uczuć lub bez wiedzy, czy w zamian otrzymamy również miłość.
Wszystkie modlitwy są dobre, gdy towarzyszą im czyste intencje i dobra wola.
Modlitwa musi być wytrwała, ponieważ wytrwałość świadczy o wierze.
Nie martw się, jeśli nie widzisz, nie komunikujesz się i nie wykonujesz wszystkich ćwiczeń religijnych. Jeśli chcesz pozostać zjednoczony z Panem, staraj się wszystko zastąpić chęciami, strzelaninami i duchową komunią.
Ojciec Pio wykorzystywał każdą wolną minutę na odmawianiu różańca. Codziennie odmawiał około 50 całych różańców.
Czasami pytano go, jak to robił, podczas gdy był ciągle zajęty wieloma sprawami. Powiedział, że odmawiał różańce i robił w tym samym czasie inne rzeczy.
Ojciec Pio modlił sie także z brewiarza i odmawiał nowenny do Madonny z Pompei, do św. Józefa, św. Michała Archanioła, św. Antoniego, św. Franciszka, Najświętszego Serca Jezusowego, św. Rity i św. Teresy od Jezusa. Oprócz tego poświęcał co najmniej cztery godziny na medytacji. Gdy się wzrok ojca Pio pogorszył , to dostał pozwolenie, żeby zamiast brewiarza, tylko odmawiać różaniec.
żeby odmawiać rożaniec zawsze i wszędzie i żeby tą modlitwę rozpowrzechniać, bo jak sam mówil: „Dzięki tej modlitwie szatan spudłuje swe ataki i będzie pokonany, i to zawsze. Jest to modlitwa do Tej, która odnosi triumf nad wszystkim i nad wszystkimi."
